مسجد امام رضا (ع)، بنایی فرهنگی، مذهبی است که با نگاهی متفاوت به معماری و بدنه شهری ساخته شده است. در معماری این مسجد با وجود تفاوت بنیادین نمای آن با نمای متعارف مساجد کشور، از ترکیب برخی عناصر معماری ایرانی مانند گودال باغچه، گرهچینی و آب در کنار عدد ۸ که اشاره به امام رضا (ع) دارد، استفاده شده است. از ویژگی های خاص این مسجد می توان به قرارگیری شبستان آن در کنار مرکز آی تی، کافی شاپ و سالن آمفی تئاتر و ... اشاره کرد. در گذشته این مکان ها در کنار مسجد قرار نگرفته بودند و هدف از این معماری خاص نیز آشنایی نسل نو با این فضا و تعامل و گفتگوی بینابینی است. در ساخت ديوارههای فضای داخلی مسجد نیز از شيشه سبز به جای کاشی استفاده شده كه در طول روز و با عبور نور خورشيد از آن، زيبايی خیره کننده ای به فضای مسجد می بخشد. ورودي ساختمان طراحی مانند انگشتان گره شده دو دست دارد که نماد وحدت است. طرح گنبد آن نیز به احترام امام هشتم، به هشت بخش تقسيم شده است.
شبستان مسجد دارای دو سالن مجزا است که با 40 صندلی متحرک تجهیز شده است. همچنین سالن این مسجد دارای 161 صندلی در طبقه اول و 45 صندلی در بالکن است.